关于金刚菩提子的挑选，应从下面几方面入手：
1.看瓣数及尺寸
金刚菩提子的价格主要由品相、大小和瓣数决定。不论大金刚（直径1.5厘米以上）还是小金刚（直径1.5厘米以下），都以五瓣最为常见，而这类一般也不会有假货存在。五瓣往上，瓣数越多越珍贵。一串七瓣的好品相的直径2.0厘米以上的金刚菩提子有的可以卖到上千元。五瓣往下，瓣数一般是越少越珍贵，常有其他品种冒充，购买时需要特别注意。至于小金刚，主要也看瓣数，评价标准基本同大金刚一致。但瓣数越多的越是不好区别，如果能看清楚，肯定是瓣数多的好。至于品相，主要是无断齿、大小均匀、密度好（沉水）、纹理清晰、沟回深的较好。
最后需要说明的是，每种菩提子都有一个平均尺寸，相较平均尺寸过大或过小的菩提子会比较珍贵，也就是行内所说的“超大”“超小”。
2.看外形
总的说来，现在人们的审美意识中认为好的金刚菩提子的特点是桩正、矮桩、皮润、红皮、肉齿。肉齿即齿纹肉肉、鼓鼓的，不是刺刺的那种。一般菩提子以圆形居多，所以在挑选时尽可能找比较规矩的菩提子。但少数外形特别怪异，比如连体、怪籽等，因相当稀少，价值反而会高。然后看是否有裂痕，同时要注意看孔、看纹，外形要周正且无伤。
3.看颜色
金刚菩提子皮质的好坏可通过皮色看出一些。一般来说，皮色有白色、灰色、亮黄色、黄褐色、红色、深棕色几种。白色与灰色的一般属糠籽儿，密度极低；亮黄色的一部分是糠籽，但也有密度稍好的，基本还属于糠籽之列；深棕色的一般不是糠籽，但同样是密度差的，越玩越黑；比较好的是黄褐色和泛红皮色的籽，这两种皮色中黄褐色籽的密度相对要高些。
4.掂分量
由于生长条件不同，菩提子采摘时间也有差异，所以同样的籽相对重的密度会高一些。但重量超出平均值过多，其内部质量会存在问题。密度高的籽盘捻时手感会更好，日后产生包浆的效果也好一些。密度低的会迅速变黑，所以在选籽的时候需要格外注意。
5.看孔眼
由于菩提子的质地不像木、石硬度那么大，在穿孔的时候一不小心就会导致孔道不正，或者有比较大的裂痕，所以当看到这种现象时需谨慎选择。
在秋冬季节，很多金刚菩提子会出现裂纹，特别是在北方。其实金刚菩提子在盘玩过程中开裂的现象是非常普遍的，这与保养不当、环境干湿度及温差（北方室内外温差较大）均有关系。所以要以平常心态对待，有裂痕不代表金刚菩提子就坏了。有时只要慢慢盘玩，日子久了,养出包浆后裂痕会渐渐变得不明显。
关于金刚菩提子的保养,具体方法如下：
1.秋冬季节到来后，给金刚菩提子涂些如橄榄油之类，会起到一定的保养作用。
2.尽量避免经受温度的大起大落，例如出门的时候，室内外的温差是很大的。
3.要坚持盘玩，日积月累才会养出起保护作用的包浆等。
