梅萨维德得到了保护，理查德·韦瑟里尔在新墨西哥查科峡谷展开的挖掘工作却引发了众怒。随后发生的一系列事件，改变了国家公园的命运。
梅萨维德法案只适用于梅萨维德，其他遗迹该怎么办呢，美国西南部存在着大量历史古迹，但它们却正遭受破坏。
国会议员约翰·莱西站了出来，提出建立一条法案，将任何未经政府允许的，破坏史前遗迹的行为，定性为联邦罪。《美国古物保护法》还赋予了美国总统一个强大的权力，即独立决定权。美国总统可以不经国会批准，将任何地方设定为国家保护区。
艾尔弗雷德·伦特：有些划出来的地方不叫国家公园，而叫国家保护区。约翰·莱西为总统争取到了一份用于保护自然的莫大权力，这样总统只要拿起笔，就能轻松地将任何一片公有土地划为国家保护区。对当时的总统西奥多·罗斯福而言，这真是一种恩赐，他喜不自胜。从他拿起笔创立国家保护区的那一刻起，很多地方的命运就被改变了。
西奥多·罗斯福很快就行使了这项新的权力，他指定的第一处国家保护区是一处受侵蚀的，独特的巨型岩石，好几只印第安部落都将这里视为圣地。这座高达270米，傲视怀俄明州东部平原的巨石，就是魔鬼塔。
接下来，西奥多·罗斯福又在新墨西哥州设立了埃尔莫罗国家保护区，这座石礅上既有史前印第安人雕刻的图画，也有早期西班牙探险家留下的文字。这些西班牙人是300年前从北方过来的，他们在此建立殖民地的时间比英国清教徒登陆普利茅斯岩的时间还要早十五年。
1907年3月11日，西奥多·罗斯福帮理查德·韦瑟里尔实现了心愿，将查科峡谷设立为国家保护区。罗斯福还利用了《美国古物保护法》保护了旧金山北部海岸濒危的红杉林。为了纪念带罗斯福参观巨杉的缪尔，这片红杉林被命名为缪尔树林。
没有什么比留住美丽，留住让人们情绪愉悦的事物更实际的事了。我认为我们已经度过谋求生存的时期了，那个时候的我们，会若无其事地看待过度开发土地的人，那些人会为了保住三年的收入，而心甘情愿地将本应世代肥沃的土壤变成沙漠。
克莱·詹金森：如果政府不对自然最脆弱的部分提供保护，就会失去人民的支持。对罗斯福这样一个来自传统的共和党人家庭，成长于摩根和约翰·洛克菲勒时代的人来说，这已是极大的突破。在美国人生活的核心存在着一种矛盾，我们可能是地球上生活得最愉快，拥有财富最多，待遇最优厚的人，这是美国梦的一个版本。而且我们同时也是梭罗的后人，杰弗逊的后人，以及从罗斯福那里继承了大峡谷的后人，我们希望维持这样的身份，而且我们深信我们能同时拥有物质和精神的富足。罗斯福明白，为了这片大陆上的某些地区，我们必须抑制住自己贪得无厌的欲望，这正是解决问题的关键。
斯图尔特·尤德尔（前内政部长）：我们曾经谈论过西奥多·罗斯福那种存在距离感的眼神，让伟大的历史遗产栩栩如生地出现在人们面前非常重要。只有这样，人们才会懂得欣赏和珍惜这些遗产。
在结束总统任期以前，西奥多·罗斯福共设立了五个国家公园，五十一个国家鸟类保护区，四个国家野生动物保护区，十八个国家保护区，以及近四十万平方公里的国家森林。西奥多·罗斯福还想在自己建立的国家公园名单上增加一个，他曾呼吁亚利桑那州的人民尽力维持那个地方的原样，保护好世界上最大的峡谷。然而在大峡谷的南缘，开发商已经盖起了房子，煤矿业者已经提出了挖矿申请，农场主已经在那里放牧了。
西奥多·罗斯福并未成功劝说国会通过议案，他只能寻求别的办法了。不管是什么办法，只要能避免大峡谷成为另一个商业化的尼亚加拉瀑布。最后，他在《美国古物保护法》中找到了答案。
《美国古物保护法》的制定，本身就是为了避免对美国西南部的印第安遗迹造成破坏，立法的初衷就是为了阻止过多的人涌入当地劫掠古墓，于是出台了相关法律。规定总统有权快速将风景宜人的地方划为国家保护区。立法的目标是非常明确的，这项法律没有设定权限，于是罗斯福很快意识到他可以以考古学之外的理由设立保护区，而这条法案最大的受益者便是大峡谷。
《美国古物保护法》将需要被保护的对象阐述为具有历史和科学意义的物体。虽然立法时考虑保护的只是一小片土地，在当时仅为20平方公里，但是法案并没有明确限制总统可以划分的土地面积。
1908年1月11日，罗斯福宣布，大峡谷是具有非凡科学价值，美国境内因侵蚀作用而形成的最伟大的峡谷。将总面积达3200平方公里的大峡谷划定为国家保护区。虽然大峡谷还不能享受到国家公园级别的保护，但一切毕竟已经向前迈出了一步。亚利桑那州的政客感到无比愤怒，威胁说要将罗斯福告上法庭，国会议员们也在抱怨，总统已经越权，罗斯福却对这些不屑一顾。
斯图尔特·尤德尔：许多西部人，有权势的西部人，众议员和参议员们都对此持反对和批评意见，但西奥多·罗斯福确实有此权力。他可以不顾当地人的意见，而他确实也有胆量这么做，当时确实有很多人抱怨，但这只是暂时的。
克莱·詹金森：罗斯福知道，这种短期的争议将会给大家带来长久的利益。罗斯福认为，从长远看来，不受破坏的自然环境比受到榨取的自然环境更具精神和物质价值。历史总会证明一切，总会为人们的正确选择辩白。今天没有一个亚利桑那州人会说，保护大峡谷是错误的决定。
世界上的第一个保护区就是伊甸园，园里只有一棵树，这真是世界上最小的保护区了。然而它一建成，就遭到了当时世上所有人，恶魔，亚当和夏娃的破坏。从那以后，世上所有保护区的命运皆是如此，只要一建成，盗贼，恶魔和恶魔的亲戚就会前来破坏它。
——约翰·缪尔
他说，任何值钱的东西都难保周全，这似乎是对人类的深刻总结，而且尤其适用于美国人。他深知美国商业那种，榨取一切资源的贪欲。他明白，任何在他看来不应遭到破坏的净土，只要具有物质上的价值，就难免遭到不幸。
从二十世纪初开始，为满足发展需要，旧金山市一直在寻找更好的水源。市政府认为图奥勒米河和赫奇赫奇山谷是最适宜建设水坝和水库的地方。山谷较为狭窄，地处偏远，可以确保水库里的水不受内华达山每年融雪径流的污染。赫奇赫奇山谷位于约塞米蒂国家公园内，这反而使它成为了城市规划者的选择。因为未来水资源的使用权将不会存在争议，市政府唯一需要交涉的土地所有者只是联邦政府而已。修建大坝，淹没赫奇赫奇山谷比在其它地方建设水库成本更低，麻烦更少。
所有人都想毁了这块地方，这看起来似乎不可思议，然而很多事情已经说明，人类既能用善心成就一切，也能用恶意毁了所有。
在约翰·缪尔看来，在国家公园内修筑水库大坝将违背建造国家公园的初衷，更糟糕的是，这种行为将会是危险的先例。赫奇赫奇山谷是他在约塞米蒂最喜欢的地方之一，他称其为，自然界最稀有，最珍贵的一座山间教堂。缪尔认为，赫奇赫奇山谷拥有气势磅礴的瀑布和壮观无比的花岗岩壁，与南边32公里处更著名的约塞米蒂山谷相比，它拥有那座山谷所有的美，却又不像后者那样被喧嚣的旅店所打扰。
1890年，缪尔在参与规划约塞米蒂国家公园时，曾特意把赫奇赫奇山谷纳入园内。
这些“教堂”的破坏者们，信奉掠夺一切的重商主义，对大自然充满鄙夷。在他们眼里没有众山之神，有的只是万能的金钱。赫奇赫奇大坝啊，它是大坝，更是人民的教堂，这样神圣的“教堂”岂是人类可以建造。
一开始，缪尔占上了上风，西奥多·罗斯福的内政部长曾三次拒绝旧金山市的申请。在1906年4月18日，一场强烈的地震袭击了旧金山，摧毁了数百座建筑。地震引发的大火几乎吞噬了整座城市，造成数千人死亡。旧金山沦为一片废墟后，政客们为建设赫奇赫奇水库付出了加倍的努力，他们谎称水库原本可以避免火灾造成的巨大损失。在一次全民投票中，旧金山市民赞成建坝的人数是反对者的七倍。市长发起了一项运动，谴责缪尔的人格低下，并谴责他试图阻止建坝工程。与此同时，缪尔一手创立的塞拉俱乐部也在此事上产生了分歧，很多重要的会员都主张建造大坝。
卡尔·波普（塞拉俱乐部）：他们热爱约塞米蒂，但这种爱对他们来说是可有可无的。在他们的理解中，约塞米蒂并不是最重要的，对旧金山市的市民来说，本市的需求才是第一位的。
此时，缪尔的一位反对者代表旧金山市站了出来，此人就是吉福德·平肖。作为美国的林业局长和西奥多·罗斯福总统信任的顾问，平肖已经成了华盛顿最具影响力的人物之一。在他的劝说下，罗斯福不顾国会议员们的反对，将数千平方公里的西部土地规划成了国家森林。平肖坚定地认为，保护自然意味着合理地利用自然，而非一味地守护。在内心深处，他从来都不是国家公园的真正支持者。对于缪尔毫不妥协地保护和扩大国家公园的观点，他当然不会赞同。
新的内政部长被任命后，平肖开始向其游说修建水坝的计划。为了应对眼前的局面，缪尔只得再次求助于那个1903年时，曾和他在约塞米蒂共度三个难忘夜晚的人，因为缪尔认为，这个热爱户外运动的人是他的朋友，与他志同道合。
1908年4月21日，亲爱的总统先生，建坝计划的那几个有限的发起人全都表现出了强烈的信心，源于他们对以下事实善意而理性，明显而顽固的忽视。赫奇赫奇山谷是约塞米蒂国家公园最壮美，最重要的景点之一。筑坝淹没这座山谷，将和筑坝淹没整个约塞米蒂一样，是极具破坏性的可耻行为。
您的忠诚的约翰·缪尔敬上
我亲爱的缪尔先生，平肖十分推崇赫奇赫奇计划，我已经把你的信转交给了他，请他就此事向我报告。我会尽我的一切力量来保护已经受到保护的约塞米蒂，以及这个国家其它类似的自然美景。但你也须记住，如果连这些景观所在地区的人民都对它没有好感，保护工作根本无从谈起。
西奥多·罗斯福
威廉·克罗农：缪尔和平肖间的矛盾之所以变得如此个人化，是由于这两种关乎人类公益的观点，虽然都很伟大，但却是互相冲突的。这种冲突在如何对待赫奇赫奇山谷和约塞米蒂国家公园这个问题上爆发了。对缪尔来说，山谷和公园如同教堂一般神圣，任何亵渎这座教堂的行为都是无法原谅的，对他来说那就是渎神。但是对平肖而言，它们只不过是可以造福大众的资源。
但是平肖毕竟是在华盛顿，而缪尔则位于加利福尼亚州，平肖赢得了大多数人的支持。在国会尚未同意前，内政部长批准了旧金山市修建水坝的申请，称此举将为更多的人带来更大的益处。
西奥多·罗斯福总统对此只是听之任之，缪尔彻底绝望了。但是一切并没有结束，一年后罗斯福离开白宫，新总统威廉·霍华德·塔夫脱来到加利福尼亚州，准备以私人名义游览约塞米蒂，令旧金山的政客们失望的是，塔夫脱指派了缪尔做他的向导，旅行还没结束，塔夫脱已经打定主意要反对建坝计划。
然而到了1913年，另一位新总统伍德罗·威尔逊又上任了。威尔逊任命的内政部长，富兰克林·莱恩曾是旧金山市的律师，莱恩很快就让建坝工程回归了正轨。
此时缪尔已经75岁了，赫奇赫奇之争已经让他身心疲惫。10年前他曾计划自己将在晚年写完20本书，可是因为这场关于赫奇赫奇的永恒之战，他最终只完成了两本著作。他在给女儿的信里写到：
我很好奇，当树叶看到它们的同伴一一凋零时，会不会觉得寂寞呢。
但他仍在坚持。
我还是认为，我们可能会赢。
缪尔在1913年11月说道。但随后他又补充道：
只要结果出来，无论如何我都高兴，因为我已经心力交瘁了。
三周后，赞成建坝的议案终于在国会得到了通过，威尔逊总统迅速签署并颁布了相关法令。
看到他坐在布满蜘蛛网的书房里，家里冷冷清清，确实令人伤心。在为赫奇赫奇抗争了许多年后，失败似乎击垮了他。我忍不住会这样想，如果国会的人、总统、旧金山的代表们看到他这个样子，肯定会愿意推迟一切行动，直到这位老人离开。我担心他将不久于人世，因为在我看来，他的身体状况恶化得非常快。
疲倦而又虚弱的缪尔强迫自己完成了描述阿拉斯加之行的游记。他造了一个新书柜，从前，他有妻子路易和两个孩子的陪伴，如今偌大的房子变得空荡荡的。
保护环境的战争永远不会停止，善与恶的较量存在于世间各处。幸运的是，恶是无法长存的，它迟早会回到地狱，驱赶这份邪恶的善良。时间会让他们明白我所说的话，世上必须要有一些地方能让人类的灵魂得到满足。吃喝并非人生的全部，我们还需要精神上的幸福，在有些人身上，精神上的需求就像胚芽一样小，但是这胚芽总会长大。
1914年12月缪尔染上肺炎病倒了，圣诞节前夕，约翰·缪尔去世了。这位荒野的推崇者一直在努力让更多的人感受到大自然的恩赐。
卡尔·波普（塞拉俱乐部）：我认为从约翰·缪尔踏上约塞米蒂土地的那一刻起，一场长达百年的讨论就开始了。约翰·缪尔来到了约塞米蒂，请记住他是一个欧洲人，他来自于苏格兰，他并不是美国人。来到约塞米蒂以后，他开始想象美国人可以成为什么样。一个世纪以来，我们一直在为是否喜欢他的想象而争论不休。
李·斯特森：我喜欢他在某个场合说过的一段话，他说，荒野的敌人是不可战胜的，他们无处不在，可是战争必须继续。你每赢得一平方公里土地，花儿，成千上万棵树，森林里的人们，还有那些未出生的后辈们，都会欢欣鼓舞，为你祝福。
缪尔去世四年后，他曾耗尽心力反对的筑坝工程开始动工。赫奇赫奇山谷安静的草原，曾被缪尔形容为优美的庭院和山间教堂，如今却被淹没于数百米深的水中。缪尔的抗争，还是引起了很多美国人的共鸣。眼下的状况让他们想到，如果约塞米蒂国家公园内的美丽山谷能被改造成水库，那其它国家公园又是否安全呢。
约翰·缪尔在赫奇赫奇之争中失败了，大坝建起来了，住在旧金山的人，今天喝的正是赫奇赫奇水库里的水。缪尔因为这次失败而大受打击，离开了人世，这是他人生尽头巨大的悲剧。但是之后，在整个二十世纪中，赫奇赫奇却一直在呐喊，为所有保卫荒野和公用土地的战争吹响号角。那看起来像是一次失败，然而有趣的是，那次失败令很多人开始思考，国家公园是否应该获得比现在更多的保护，是否应该制定更完善的法规来保护这些公园，使之今后不再陷入这样的争议。
缪尔拥护过的一条提议，如今开始在全国获得大力支持，这条提议便是在联邦政府内建立一个机构，其唯一职责就是推广，管理和保护国家公园，确保这些公园能够实现建立它们的初衷，并且能够存留万世。
只要我还活着，我就要倾听鸟儿，风儿和瀑布的歌唱，就要读懂岩石，洪水，风暴和山崩的语言。我要和原野，冰川交朋友，尽我所能地贴近大自然的心，而我确实也是这么做的。我在岩石之间漫步，在森林中徜徉，在溪流之间跋涉，只要遇到一种新的植物，我就会在它旁边坐上一分钟，或是一天，试着和它交朋友，聆听它想说的话。我问卵石，它们从哪里来，又要到哪里去。夜晚来临，我便就地露营，我不慌不忙，不赶不急，和树木，星星一样悠闲，这是真正的自在，一种美好的，可以实现的永生。
——约翰·缪尔
完